Różne biura rachunkowe to również odrębne oprogramowania, służące do obsługi klientów. Aktualnie do najpopularniejszych z nich należą między innymi Enova oraz Comarch Optima.
Oba te systemy obsługują moduł kadry-płace, z czego oprócz tego poprzez oprogramowanie Enova można kierować niemal wszystkimi procesami zachodzącymi w firmie- produkcją, handlem i magazynem, finansami i księgowością czy sprzedażą i usługami.